İnternet bankacılığının banka ve müşterilerine sağladığı tüm yararlarının yanında, özellikle internetin yapısından
kaynaklanan birtakım sorunlar nedeniyle bazı sakıncaları da vardır. Özellikle internette yapılan ticari işlemlerle ilgili
güvenlik problemleri ve işlemlerin yasal düzeninin kesin olarak belli olmaması, bu sorunların en önemlileridir. Bunların
yanında internetle ilgili teknik standartların belisizliği, internet üzerinden yapılan sözleşmelerin hukuki geçerliliğinin durumu,
bilginin gizliliğinin tam olarak garanti edilememesi, internette yapılan ticari işlemlerin vergilendirilmesindeki sorunlar,
internet bankacılığı uygulamasının daha fazla kullanıcıya ulaşmasının önündeki en önemli sorunlardır.66
Gerek bankalar, gerek ülkeler, gerekse ilgili tüm ekonomik kuruluşlar, internet bankacılığının yaygınlaşmasının önündeki
en önemli sorun olan güvenlik problemlerini aşabilmek amacıyla çalışmalar yapmaktadırlar.
Halihazırda internet bankacılığı uygulamalarında karşılaşılabilecek risklere karşı alınabilecek güvenlik tedbirlerini; kullanıcı
düzeyi, online bankacılık programı düzeyi, devlet düzeyi, bankanın bilgisayar sistemleri ile ilgili tedbirler ve bilgisayar
dışındaki temel banka güvenlik tedbirleri olmak üzere beş düzeyde incelenebilir.67
Kullanıcı düzeyinde kişilerin internet bankacılığında güvenliğini sağlayan temel araç, kişilere özel olarak verilen ve üçüncü
şahıslardan özenle saklanılması gereken şifrelerdir. Bu şifrelerin özellikle kötü niyetli üçüncü kişiler tarafından ele
geçirilmesi halinde, bireylerin banka hesaplarında yasadışı işlemlerin yapılması söz konusu olabilmektedir.
Online bankacılık programları ise, bankalar ile müşterilerin bilgisayarları arasında gidip gelen bilgileri koruyarak, internet
bankacılığında yaşanabilecek olası sorunlara karşı güvenlik tedbirleri almayı amaçlamaktadır. İnternet bankacılığı hizmeti veren bankalar, ana bilgisayar sistemlerini korumak için müşterilerine ana bilgisayarına doğrudan giriş imkanı
vermemektedir. Bankalar genellikle ana bilgisayarlar ile kişisel bilgisayarların iletişimini sağlayan internet ağları arasına,
yalnızca internet bankacılığı hizmetine ayrılmış olan ayrı bilgisayarlar yerleştirmektedirler. Bu bilgisayarlar aynı zamanda,
“ateş duvarları” (firewall) adı verilen ve yalnızca güvenliği sağlamak amacıyla kurulan bilgisayarların görevlerini yerine
getirmektedirler. Böylece bu bilgisayarlar internet bankacılığı kullanıcıları ile banka ana bilgisayarı arasında gerekli olan
bilgi alışverişinin, üçüncü kişilere kapalı olarak güvenli bir şekilde yapılmasını sağlamaktadırlar.68
İnternet bankacılığı uygulamaları ile ilgili devlet düzeyinde alınan güvenlik tedbirlerinde ise; devlet, bankalarla ilgili olarak
mali yapılarının güçlü olup olmadığı ve operasyonlarının güvenli bir şekilde yapılıp yapılmadığı hakkında denetleme ve düzenlemeler yaparak yaşanması olası sorunlara karşı önlemler almaktadır. Ayrıca sanal ortamda işlenecek suçlara karşı
verilecek cezalara ilişkin yasal düzenlemeler de suçluları caydırmaya yönelik olarak alınan tedbirlerden bir diğeridir.
Bankaların bilgisayar sistemleri ile ilgili alabileceği güvenlik tedbirleri ise; banka ve kişisel bilgisayarlar arasındaki bilgi
akışına dışarıdan gelebilecek kötü niyetli müdahalelere karşı ateş duvarları kurmak, bankanın kendi içinden, yani bankanın
kendi çalışanlarının olası suçlarına karşı tedbirler almak, tüm bilgisayar ve server’larda güncelleştirilmiş virüs programları
kullanmak, müşteri ve çalışanları bilinmeyen kaynaklardan dosya yüklememeleri konusunda eğitmek, şifreler belirleyerek,
bunların korunması ve değiştirilmesi ile ilgili yöntemler belirlemek, internet bağlantısının belli bir süre kullanılmaması
halinde bağlantıyı otomatik olarak kesmek gibi önlemlerdir.