Aufgrund einiger Probleme gibt es auch einige Nachteile. Insbesondere Sicherheitsprobleme bei kommerziellen Transaktionen im Internet und die unklare rechtliche Regelung von Transaktionen sind die wichtigsten Probleme. Daneben sind auch die Unbestimmtheit der technischen Standards im Internet, die rechtliche Gültigkeit von online abgeschlossenen Verträgen, die vollständige Gewährleistung der Vertraulichkeit von Informationen und die Probleme bei der Besteuerung von Transaktionen im Internetbanking wichtige Probleme. Banken, Länder und alle relevanten Wirtschaftsorganisationen arbeiten daran, die wichtigsten Sicherheitsprobleme zu lösen, die der Verbreitung des Online-Banking im Weg stehen. Die Sicherheitsmaßnahmen gegen Risiken, die bei der Nutzung von Online-Banking auftreten können, können auf fünf Ebenen untersucht werden: auf Benutzerebene, auf der Ebene des Online-Banking-Programms, auf staatlicher Ebene, auf den Sicherheitsmaßnahmen für die Computersysteme der Bank und auf den grundlegenden Sicherheitsmaßnahmen der Bank außerhalb des Computers. Das grundlegende Werkzeug auf Benutzerebene, das die Sicherheit beim Online-Banking gewährleistet, sind Passwörter, die individuell vergeben und sorgfältig vor Dritten geschützt werden müssen. Insbesondere bei unerlaubtem Zugriff auf diese Passwörter durch bösartige Dritte kann es zu illegalen Transaktionen auf Bankkonten kommen. Online-Banking-Programme zielen darauf ab, Informationen zwischen Banken und Kundencomputern zu schützen, um Sicherheitsmaßnahmen gegen mögliche Probleme beim Internet-Banking zu ergreifen. Banken gewähren ihren Kunden in der Regel keinen direkten Zugriff auf ihre Hauptcomputer, um die Hauptcomputer zu schützen. Banken platzieren in der Regel separate Computer zwischen Hauptcomputern und persönlichen Computern, die für das Internetbanking vorgesehen sind. Diese Computer, auch "Firewalls" genannt, sind spezielle Computer, die ausschließlich zur Sicherheit eingerichtet sind und den Austausch von Informationen zwischen den Internet-Banking-Nutzern und dem Hauptcomputer der Bank sicherstellen, ohne dass Dritte Zugriff haben. Auf staatlicher Ebene werden Sicherheitsmaßnahmen für Internet-Banking-Anwendungen ergriffen, indem der Staat Banken hinsichtlich ihrer finanziellen Stärke und der Sicherheit ihrer Operationen überwacht und regelt, um möglichen Problemen vorzubeugen. Darüber hinaus sind gesetzliche Bestimmungen zu den Strafen für im virtuellen Raum begangene Straftaten eine weitere Maßnahme zur Abschreckung von Straftätern. Die Sicherheitsmaßnahmen, die Banken im Zusammenhang mit ihren Computersystemen ergreifen können, umfassen die Einrichtung von Firewalls, um unerwünschte Eingriffe von außen in den Informationsfluss zwischen Banken und persönlichen Computern zu verhindern, die Ergreifung von Maßnahmen gegen mögliche Straftaten durch das eigene Personal der Bank, die Verwendung von aktualisierten Virenschutzprogrammen auf allen Computern und Servern, die Schulung von Kunden und Mitarbeitern darin, keine Dateien aus unbekannten Quellen herunterzuladen, die Festlegung von Methoden zum Schutz und zur Änderung von Passwörtern sowie Maßnahmen wie die automatische Trennung der Verbindung bei Nichtbenutzung des Internetanschlusses für eine bestimmte Zeit.